制藥工程主要主干課程有：有機化學(xué)、生物化學(xué)、物理化學(xué)、化工原理、制藥工程、藥物合成反應(yīng)、藥物化學(xué)、藥理學(xué)、藥劑學(xué)、天然藥物化學(xué)、應(yīng)用光譜解析、制藥工藝學(xué)、藥用高分子材料、制藥分離工程、藥物分析、制藥裝備與車間設(shè)計、藥事管理學(xué)、藥品營銷等。

部分中藥制藥學(xué)科還包括藥用植物學(xué)，中藥學(xué)，方劑學(xué)，中藥化學(xué)，中藥藥劑學(xué)，中藥制劑分析，中藥藥理學(xué)。部分農(nóng)藥制藥工程學(xué)科要學(xué)習(xí)植物學(xué)，農(nóng)藥學(xué)。