敦煌市轄7個鎮(zhèn)、2個鄉(xiāng)：沙州鎮(zhèn)、肅州鎮(zhèn)、莫高鎮(zhèn)、轉(zhuǎn)渠口鎮(zhèn)、七里鎮(zhèn)、月牙泉鎮(zhèn)、郭家堡鄉(xiāng)、黃渠鄉(xiāng)、陽關(guān)鎮(zhèn)；國營敦煌農(nóng)場、青海石油管理局生活基地。

沙州鎮(zhèn)為市委、市政府所在地，是全市政治、經(jīng)濟(jì)、文化的中心。城西7公里處的七里鎮(zhèn)是一座新型的石油城，現(xiàn)為青海石油管理局所在地和青海油田后勤生活基地。