1、評定機構(gòu)不同 北大核心全稱為北京大學(xué)圖書館“中文核心期刊”，是北京大學(xué)圖書館聯(lián)合眾多學(xué)術(shù)界權(quán)威專家鑒定，國內(nèi)幾所大學(xué)的圖書館根據(jù)期刊的引文率、轉(zhuǎn)載率、文摘率等指標(biāo)確定的。

而南大核心全稱中文社會科學(xué)引文索引，是由南京大學(xué)中國社會科學(xué)研究評價中心，組織評定的，用來檢索論文收錄和文獻被引用情況，是我國人文社會科學(xué)評價領(lǐng)域的標(biāo)志性工程。

2、影響力不同 南大核影響力大于北大核心。南大核心來源期刊,受到了學(xué)術(shù)界的廣泛認同，從影響力來講，其等級屬同類劃分中國內(nèi)最權(quán)威的一種,入選難度高于北大核心。教育部已將南大核心數(shù)據(jù)作為全國高校機構(gòu)與基地評估、成果評獎、項目立項、人才培養(yǎng)等方面的重要考核指標(biāo)。

3、評定時間不同 北大核心的評定頻率低于南大核心。北大核心2008年之后為兩年一評，南大核心為每兩年一評。 來源：-核心期刊