臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)學(xué)制為八年，分為四個(gè)階段：第一階段：醫(yī)學(xué)預(yù)科階段，五個(gè)學(xué)期，在清華大學(xué)學(xué)習(xí)。

第二階段：基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)階段，三個(gè)學(xué)期，在校本部基礎(chǔ)學(xué)院學(xué)習(xí)。課程包括人體解剖學(xué)、組織胚胎學(xué)、生理學(xué)、微生物學(xué)、寄生蟲學(xué)、醫(yī)學(xué)免疫學(xué)、醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)、藥理學(xué)、分子生物學(xué)、醫(yī)學(xué)統(tǒng)計(jì)學(xué)等。第三階段：臨床醫(yī)學(xué)階段（含見習(xí)），四個(gè)學(xué)期，在校本部臨床學(xué)院學(xué)習(xí)。第四階段：臨床實(shí)習(xí)及科研訓(xùn)練，四個(gè)學(xué)期，其中畢業(yè)前8個(gè)月時(shí)間為科研訓(xùn)練課時(shí)間，必須在博士生導(dǎo)師的指導(dǎo)下，獨(dú)立完成一項(xiàng)科研題目并通過答辯。協(xié)和臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)畢業(yè)證書和學(xué)位證書蓋“清華大學(xué)”和“北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院”兩個(gè)公章，在清華生命科學(xué)學(xué)院學(xué)習(xí)兩年半結(jié)束后可獲得清華大學(xué)學(xué)士學(xué)位。