形態(tài)標記是遺傳標記的一種，指肉眼可見的或儀器測量動物的外部特征(如毛色、體型、外形、皮膚結構等)，以這種形態(tài)性狀、生理性狀及生態(tài)地理分布等特征為遺傳標記，研究物種間的關系、分類和鑒定。

形態(tài)學標記研究物種是基于個體性狀描述，得到的結論往往不夠完善，且數量、性狀很難剔除環(huán)境的影響，需生物統(tǒng)計學知識進行嚴密的分析。但是用直觀的標記研究質量、性狀的遺傳顯得更簡單、更方便。