微生物遺傳學是以病毒、細菌、小型真菌以及單細胞動植物等微生物為研究對象的遺傳學分支學科。

微生物有 微生物遺傳學個體小、生活周期短、常能在簡單地合成培養(yǎng)基上迅速繁殖等特點，并且可以在相同條件下處理大量個體，所以是進行遺傳學研究的良好材料。微生物遺傳學在20世紀40～50年代的發(fā)展，促進了遺傳學中一些基本理論的闡明；50～60年代推動了分子遺傳學的發(fā)展。