國家級特色專業(yè)（4個）：園藝（第一批）、農(nóng)學(xué)（第三批）、生物技術(shù)（第四批）、農(nóng)業(yè)水利工程（第六批）。

自治區(qū)級重點學(xué)科（4個）：生物學(xué)、園藝學(xué)、作物學(xué)、獸醫(yī)學(xué)。

自治區(qū)級重點學(xué)科（2個）：微生物學(xué)、果樹學(xué)。

自治區(qū)級重點培育學(xué)科（1個）：作物栽培學(xué)與耕作學(xué)。

兵團(tuán)重點學(xué)科（4個）：生物化學(xué)與分子生物學(xué)、作物栽培學(xué)與耕作學(xué)、果樹學(xué)、動物營養(yǎng)與飼料科學(xué)。

塔里木大學(xué)王牌專業(yè)有生物技術(shù)、園藝、漢語言、農(nóng)學(xué)、動物醫(yī)學(xué)、旅游管理、計算機(jī)科學(xué)與技術(shù)、農(nóng)業(yè)機(jī)械化及其自動化、農(nóng)業(yè)水利工程、動物科學(xué)等。

塔里木大學(xué)園藝、農(nóng)學(xué)、生物技術(shù)、農(nóng)業(yè)水利工程等專業(yè)可以說是塔里木大學(xué)最好最有特色的專業(yè)了，這些專業(yè)為同類型高校相關(guān)專業(yè)和本校的專業(yè)建設(shè)與改革起到示范帶動作用。