在六方晶胞中，原子坐標系的建立通常采用晶體學中的晶軸（a、b、c）和角度（α、β、γ）來確定。

對于六方晶胞，其中一個晶軸垂直于底面，另外兩個晶軸呈60度夾角。通常選擇一個晶軸垂直于平面，然后另外兩個晶軸呈60度夾角，這樣可以建立一個六邊形的基本單元。原子的位置可以用晶軸上的坐標以及相對于基本單元的偏移來描述。這種坐標系有助于確定晶體中原子的位置和排列。