故事并不復(fù)雜，一個(gè)極富音樂(lè)才華的男生葉湘?zhèn)悾ㄓ置?，周杰倫飾）轉(zhuǎn)學(xué)到一所新的中學(xué)。
轉(zhuǎn)學(xué)生到了新的學(xué)校，心里總是有一點(diǎn)惶恐和不安的，更何況他還是一個(gè)內(nèi)向少言的羞澀少年。正當(dāng)他帶著好奇慢慢接受這個(gè)全新的環(huán)境之時(shí)，他遇見(jiàn)了一個(gè)清秀可人的少女小雨（桂綸鎂飾），兩人初見(jiàn)是在鋼琴房里，傻小子愣頭愣腦地闖進(jìn)琴房，驚動(dòng)了正在彈琴的姑娘，他是為琴房里傳出一段引人入勝的琴聲所吸引，從小學(xué)琴的他竟然沒(méi)有聽(tīng)過(guò)這首悅耳的曲子，于是他問(wèn)女孩那是什么曲子，女孩神秘地一笑“那是一個(gè)不能說(shuō)的秘密。” 從此他便迷上了那個(gè)彈琴女孩，迷上了那首不知名的樂(lè)曲。 葉湘?zhèn)悶榱私o女孩找一本很珍貴的琴譜，竟然以新生的身份向?qū)W校著名的鋼琴王子挑戰(zhàn)，結(jié)果，那位學(xué)長(zhǎng)輸?shù)煤軟](méi)面子，當(dāng)眾把那本琴譜給了他。從此，這個(gè)羞澀的男生也贏得了不少女生的芳心，誰(shuí)會(huì)不為一個(gè)有才華又彬彬有禮的男生心動(dòng)呢？ 當(dāng)然，小倫和小雨的感情也越來(lái)越好。他會(huì)用單車送活潑可愛(ài)的她回家，兩個(gè)人也經(jīng)常會(huì)一起在琴房彈琴。有一次，小雨彈起了她第一次遇見(jiàn)小倫時(shí)彈的那首曲子，小雨告訴小倫，千萬(wàn)不要在舊琴房彈這首曲子！小倫也傷感地說(shuō)，等畢業(yè)典禮舉行完，學(xué)校的舊琴房馬上就要拆了。他會(huì)在畢業(yè)典禮上，為小雨演奏一首曲子。 有一天，她甚至把他領(lǐng)到她家里的露臺(tái)上，暮靄中，面對(duì)漸漸西下的夕陽(yáng)和滾滾動(dòng)逝的江流，他們有了人生中的初吻。 小雨有哮喘的毛病，小倫就到處打聽(tīng)吃什么對(duì)治療哮喘有幫助，為了這個(gè)，他甚至答應(yīng)和音樂(lè)狂老爸跳舞，結(jié)果家里剛剛買來(lái)的一堆蘋果被小倫帶到學(xué)校，他要讓小雨每天吃一個(gè)。 可女孩卻越來(lái)越神秘，她幾乎沒(méi)有什么朋友，現(xiàn)在，甚至經(jīng)常不來(lái)上課，小倫的蘋果最多的時(shí)候攢了15個(gè)，這就代表小雨15天沒(méi)有到學(xué)校來(lái)上課。 他去找小雨，可小雨的媽媽說(shuō)她病了，在家休息。等到第二次他去找小雨，小雨的媽媽讓他進(jìn)了門，說(shuō)小雨正在休息，可小倫進(jìn)入小雨的房間，才發(fā)現(xiàn)房?jī)?nèi)空空如也，小倫發(fā)現(xiàn)了一張素描畫像，而畫像上的人正是他自己。同時(shí)，他還在小雨的房間里發(fā)現(xiàn)了一張泛黃的照片，照片上的人，一個(gè)是小雨，一個(gè)是小倫的爸爸。 迷惑、驚訝、好奇立時(shí)占據(jù)了他的心頭，讓他心亂如麻。他回到家，向爸爸問(wèn)起了這張照片的來(lái)歷。 原來(lái)，小雨是二十年前爸爸的學(xué)生，也是音樂(lè)班的，主修鋼琴，非常有才華。有一天，小雨在琴房練琴，偶然間在鋼琴底下發(fā)現(xiàn)了一本很破舊的琴譜，她照著琴譜彈了起來(lái)，在美妙的琴聲中，琴房的墻壁開(kāi)始變得斑駁，屋子里別的家具也飛快地不斷變換著位置，原來(lái)，這本神秘的琴譜帶著小雨穿越時(shí)空，來(lái)到了二十年后，也就是一九九九年，還是這個(gè)琴房，小雨彈完一曲，小倫從琴房外走進(jìn)來(lái)。 因?yàn)樾愒诋厴I(yè)典禮上彈琴的時(shí)候戴著同班喜歡小倫的女生給小倫的幸運(yùn)手鏈，小雨和小倫產(chǎn)生了誤會(huì)…… 與此同時(shí)，這個(gè)一在舊琴房彈起那本名叫“秘密”的琴譜上的樂(lè)曲就能穿越時(shí)空的的“秘密”讓小雨陷入了困惑，因?yàn)樵谖磥?lái)的一九九九年，除了小倫，別的人都看不到她，另一方面，她說(shuō)自己能夠穿越時(shí)空的反常舉止也遭到同學(xué)們的譏笑和不理解，只有小倫的爸爸——葉老師理解她，安慰她。因?yàn)榇蠹叶颊J(rèn)為小雨是胡思亂想，精神出現(xiàn)了問(wèn)題，媽媽便讓她退了學(xué)，從此她便待在家里。但葉老師沒(méi)有放棄她，他甚至親自到小雨家，邀請(qǐng)她回學(xué)校參加畢業(yè)典禮，于是，就有了小倫在小雨家發(fā)現(xiàn)的兩人的合影。 小倫恍然大悟，以往和小雨在一起的一幕幕情形，一時(shí)間全部涌上他的心頭，他發(fā)瘋般地沖向?qū)W校里的那間舊琴房，不顧琴房正在拆遷的危險(xiǎn)，順著樓外的腳手架，砸破琴房被密封的玻璃爬上了那間舊琴房，破碎的玻璃把他的手臂劃傷了。但他根本顧不上傷痛，飛快跑到鋼琴前，發(fā)瘋一樣地彈著那首小雨彈的曲子。窗外，拆遷的鏟斗車也開(kāi)始一鏟斗、一鏟斗地拆樓，樓體開(kāi)始顫抖，可小倫還是像什么都沒(méi)有發(fā)生一樣地彈著琴，最后，用于拆遷的巨大的鋼球向正在彈琴小倫的座來(lái)……
