福建工程學(xué)院有52個本科專業(yè)，設(shè)機械與汽車工程學(xué)院、材料科學(xué)與工程學(xué)院、信息科學(xué)與工程學(xué)院、土木工程學(xué)院、建筑與城鄉(xiāng)規(guī)劃學(xué)院、管理學(xué)院、生態(tài)環(huán)境與城市建設(shè)學(xué)院、交通運輸學(xué)院、人文學(xué)院、法學(xué)院、數(shù)理學(xué)院、設(shè)計學(xué)院、思想政治理論課教研部、體育教研部等14個院系（部）及繼續(xù)教育學(xué)院。