武漢工程大學的最強的專業(yè)是化學工程與技術、材料科學與工程、礦業(yè)工程、安全科學與工程、馬克思主義理論、機械工程、計算機科學與技術、土木工程、藥學、管理科學與工程、工商管理、控制科學與工程、儀器科學與技術、電氣工程、食品科學與工程、軟件工程、設計學、戲劇與影視學、美術學、音樂與舞蹈學等。

此外，該校還有國家特色專業(yè)建設點包括化學工程與工藝、制藥工程、過程裝備與控制工程、高分子材料與工程、材料科學與工程、計算機科學與技術、環(huán)境工程、法學、工商管理等。