南京理工大學全日制學術學位碩士研究生學費標準為8000元/生·學年，全日制專業(yè)學位碩士研究生學費一般為10000元/生·學年（其中會計碩士43200元/生·學年，中法工程師學院42000元/生·學年），非全日制碩士研究生全過程學費有4.5萬元、5萬元、6萬元等不同收費標準。

現(xiàn)在沒有公費自費區(qū)分了，已經改為獎學金制度了。