哈爾濱工程大學目前設有16個院系。

其重點學科為：船舶與海洋結構物設計制造、水聲工程、輪機工程。共有56個專業(yè)。重點專業(yè)：船舶與海洋工程、核科學與技術、計算機科學與技術、信息與通信工程、控制科學與工程、儀器科學與技術、機械工程、材料科學與工程、動力工程及工程熱物理、力學、光學工程、管理科學與工程。學院設置具體如下：