原因有主要有三點：

1、朱熹著述謬誤不少：當時的監(jiān)察御史沈繼祖彈劾朱熹十大罪狀，斥責“偽學猖獗，圖為不軌”。

明朝學者王陽明發(fā)現(xiàn)朱熹學說的根本性錯誤，針鋒相對提出“知行合一”，在中國思想史上相提并論為“孔、孟、朱、王”，超越朱熹，只不過由于封建統(tǒng)治者別有用心，繼續(xù)利用朱熹那一套。清朝學者發(fā)現(xiàn)作為朱熹學說的奠基之作“河圖”、“洛書”并非《易經(jīng)》原文，而是五代時期的偽作。

2、朱熹學說無助于解決現(xiàn)實問題：理學家口口聲聲主戰(zhàn)，但究竟該怎么戰(zhàn)，怎么恢復(fù)中原，朱熹本人在分析了具體情況后卻“未知如何”。更甚者，朱熹從根本上反對務(wù)實。儒家的目的既然是要平治天下，是否應(yīng)該對現(xiàn)實問題進行一些研究、學一些行政之術(shù)呢？起碼春秋戰(zhàn)國時代的儒家先賢們還沒有專門對此否定，可是到了程朱理學那里，時此終于明確否定了。當有學生說“學者講明義理之外，亦須理會時政”時，朱熹立即對此觀點進行了批評。他說：“今世文人才士，開口便說國家利害，把筆便速時政得失，終濟得甚事?！痹谒磥?，一個人只需要根據(jù)義理修煉人格，任何辦事能力都不需要專門的學習就能自然領(lǐng)會。這種奇怪的論調(diào)竟然被普遍接受，并滲透于明清的科舉考試中，直到清末屢吃大敗仗，才感到有在科舉中增加“策論”的必要。

3、朱熹言行不一：當時另一位監(jiān)察御史劉德秀上書稱朱熹“口道先王語，而行如市人所不為”，朝散大夫（從五品官）劉三杰將他與外敵相提并論“今日之憂有二，有邊境之憂，有偽學之憂”，所以有人彈劾甚至請斬朱熹。