深圳檢驗檢疫局內(nèi)設以下職能處（室）:一、辦公室負責協(xié)調(diào)機關日常工作和督查督辦，組織重要會議，負責秘書、機要、保密、文印、檔案、政務信息與宣傳、外事接待等工作。

二、法制與綜合業(yè)務處負責有關檢驗檢疫法制工作，承辦行政復議、訴訟和司法調(diào)查及法制宣傳教育，負責檢驗檢疫業(yè)務綜合協(xié)調(diào)和統(tǒng)計，負責口岸工作規(guī)劃、準備及協(xié)調(diào)，負責涉外檢驗檢疫、鑒定、認證及衛(wèi)生除害處理機構的監(jiān)督管理。

三、衛(wèi)生檢疫處負責出入境衛(wèi)生檢疫、傳染病監(jiān)測和口岸衛(wèi)生監(jiān)督，收集國內(nèi)外有關傳染病疫情信息，負責傳染病監(jiān)測體檢與預防接種的管理工作。

四、動物檢驗檢疫處負責出入境動物及其產(chǎn)品和其他應檢物的檢驗檢疫和監(jiān)督管理，承辦授權的進境動物檢疫審批，收集動物疫情信息，承辦出入境動物及其產(chǎn)品的衛(wèi)生和檢疫注冊的考核與監(jiān)督檢查。

五、植物檢驗撿疫處負責出入境植物及其產(chǎn)品和其他應檢物的檢驗檢疫和監(jiān)督管理，承辦授權的進境植物檢疫審批，收集植物疫情信息，承辦出入境植物及其產(chǎn)品的衛(wèi)生和檢疫注冊的考核與監(jiān)督檢查。

六、食品檢驗監(jiān)督處負責進出口食品等商品的衛(wèi)生、質(zhì)量檢驗和監(jiān)督管理，承辦進出口食品衛(wèi)生注冊的考核和監(jiān)督檢查。

七、化礦與鑒定業(yè)務處負責進出口石化、礦產(chǎn)、金屬材料、陶瓷、進口廢物原料等商品的法定檢驗和監(jiān)督管理，承辦分管商品的進出口安全質(zhì)量許可的考核和監(jiān)督檢查。負責管理和組織實施進出口法定鑒定業(yè)務，負責運載工具、集裝箱等的適載檢驗管理，并協(xié)調(diào)出入境集裝箱及運載工具的檢驗檢疫工作。八、輕紡檢驗處負責進出口輕工、紡織等商品的法定檢驗和監(jiān)督管理，承辦分管商品的進出口安全質(zhì)量許可的考核和監(jiān)督檢查。九、機電檢驗處負責進出口機電儀、成套設備、車輛等商品和包裝的法定檢驗及監(jiān)督管理，負責外商投資財產(chǎn)鑒定工作，承辦分管商品的進出口安全質(zhì)量許可、包裝許可的考核和監(jiān)督檢查。十、產(chǎn)地證簽證處負責普惠制原產(chǎn)地證和一般原產(chǎn)地證的簽發(fā)與監(jiān)督管理。十一、科技處負責有關檢驗檢疫的科技、標準化工作，負責科技和技術引進，負責情報資料、實驗室、儀器設備和計算機信息系統(tǒng)的管理工作。十二、認證監(jiān)管處負責管理和組織實施進出口食品衛(wèi)生、供港澳敏感商品注冊登記和進口安全質(zhì)量許可、出口質(zhì)量許可、質(zhì)量認證認可等監(jiān)管工作，負責實驗室認可及人員注冊的有關工作。十三、通關處負責出入境檢驗檢疫證書證單的簽發(fā)工作，負責檢驗檢疫報檢、計收費、簽證、放行及流程管理。十四、人事處負責辦理本局和下屬分支機構、事業(yè)單位的干部任免、調(diào)配、考核、公務員管理、職稱評聘、機構編制、勞動工資和教育培訓、安全保衛(wèi)等工作。對外工作需要可使用“保衛(wèi)處”的印章。十五、財務處負責本局和下屬單位的財務會計、基建計劃、國有資產(chǎn)管理，負責對下屬單位的財務監(jiān)督檢查。十六、稽查處負責組織開展檢驗檢疫行政執(zhí)法監(jiān)督檢查、工作質(zhì)量檢查和專項稽查活動；負責向局紀檢監(jiān)察部門提供行政執(zhí)法工作中發(fā)現(xiàn)的內(nèi)部工作人員涉嫌違紀違規(guī)案件的線索，并做好有關協(xié)查工作；負責對行政執(zhí)法相對人違反檢驗檢疫法律、法規(guī)的行政調(diào)查。配合有關部門開展有關整頓市場秩序、打擊走私等活動的組織協(xié)調(diào)工作。十七、機關黨委辦公室（政工處）十八、監(jiān)察審計室十九、離退休干部處二十、基建處負責深圳檢驗檢疫局較大基建項目的監(jiān)督管理等工作，負責深圳檢驗檢疫局及各分支機構、事業(yè)單位的辦公設施的計劃、立項、審批及其維護，負責職工住宅等設施的維修等。