社科院和中科院主要有研究方向、成立時間、組成結構等主要方面的差異。
1、研究方向不同。中國科學院為中國自然科學最高學術機構、科學技術最高咨詢機構、自然科學與高技術綜合研究發(fā)展中心。中國社會科學院（是中共中央直接領導、國務院直屬的中國哲學社會科學研究的最高學術機構和綜合研究中心。
2、成立時間不同。中科院成立時間為1949年11月。社科院成立時間為1977年5月7日。
3、組成結構不同。中國社會科學院擁有6大學部，近40個研究院所，10個職能部門，8個直屬機構，2個直屬公司，180余個非實體研究中心，主管全國性學術社團105個，并代管中國地方志指導小組辦公室。中科院設有院機關13個，分院12個，研究單位114個，學校及公共支撐單位7個，其他單位4個，共建單位12個，院直接投資的全資及控股企業(yè)22個，四類機構34個，院非法人單元113個，相關組織5個。
