該院目前與境外學校合作辦學的主要模式有與英國倫敦城市大學合作舉辦的2+2模式電子信息工程本科專業(yè)，與澳大利亞斯運伯恩科技大學合作舉辦的2.5+1.5模式電子金融本科專業(yè)和與英國拉夫堡大學和倫敦大學合作舉辦的3+2模式材料科學與工程本碩連讀專業(yè)。

對于學生成績合格者，雙方學校頒發(fā)學士學位，或者南京航空航天大學頒發(fā)學士學位，境外學校頒發(fā)碩士學位。該院合作辦學項目緊跟國際最新專業(yè)發(fā)展趨勢，旨在培養(yǎng)能在未來先進生產(chǎn)、文化領域從事科學研究、技術創(chuàng)新、高級管理和國際交流的時代精英和專業(yè)人才。學?，F(xiàn)已同澳大利亞斯運伯恩科技大學、南澳大學，英國倫敦城市大學、拉夫堡大學、倫敦大學，法國巴黎第十大學，瑞典達拉那大學等境外學校開展了聯(lián)合培養(yǎng)人才項目，進行了教師培訓、學生交換、科研合作等項目。國際教育學院成立于2005年，是江蘇省最早將中外合作辦學設置在本一批次招生的院校單位（單列院校代碼1703）。國際教育學院順應教育國際化的發(fā)展需要，引進國際先進的辦學理念和模式，依托南京航空航天大學優(yōu)勢學科和強勢專業(yè)，利用學校優(yōu)秀的師資力量和優(yōu)質(zhì)教育資源，廣泛開展多層次、多樣化的國際合作教育。