作為與人類共生的生命體，人體中的微生物都是以萬億數(shù)量級進行統(tǒng)計的。

它們與生俱來，甚至我們出生時也攜帶著從母親獲得的菌群。它們與人類共進退，但我們卻對如此忠誠的伙伴所知甚少。在2007年，美國國立衛(wèi)生研究院一聲令下，誕生了史上最大的人體微生物探索項目——人類微生物組計劃（HMP）。在過去十幾年中，科學界在人類微生物研究上投入了超過17億美元的資金，大部分相關的課題研究都來自于美國、歐洲、中國等地區(qū)。如此龐大的資金和研究鏈無不體現(xiàn)了科學家對人體微生物的關注。此前微生物學界也獲得了不少突破性的進展，例如新生兒會從母親獲得關鍵性的微生物群；乳汁中無法消化的糖類可以促進嬰兒腸胃中微生物的生長，而微生物成長后，又可以反過來增強嬰兒免疫系統(tǒng)功能。但遺憾地是，這些零散的研究很難理清微生物群體、人體以及疾病這三者的關系。但這一尷尬的局面在21世紀初期出現(xiàn)了轉折，2005年開始，DNA測序技術的成本逐漸開始下降，美國國立衛(wèi)生研究院（NIH）決定開展針對人體微生物群體的大型研究計劃。

2007年，美國投入了2億美元啟動了龐大的人類微生物組計劃（Human Microbiome Project，HMP），旨在推進更先進的微生物領域的發(fā)展，包括更新計算分析工工具，臨床標準以及建立微生物參考數(shù)據(jù)庫。HMP計劃的第一階段主要是指2007年啟動至2016年，第一個十年的研究進展。在該階段中，研究主要是分析身體五大部位的微生物群體，包括口腔、皮膚、鼻腔、腸胃道和泌尿生殖道，為了探究固定部位的微生物社群是否與人體的特定疾病存在聯(lián)系。在第一階段中，HMP制定了五大部位的臨床樣本標準。除此之外，HMP 還建立了各類微生物的全基因組序列，目前這些序列在NCBI上都能直接獲取。