水中常見的微生物類群有： 非細(xì)胞類型：病毒（動物病毒、植物病毒、昆蟲病毒），噬菌體（細(xì)菌病毒），真菌病等。

水中常見的微生物類群有自養(yǎng)菌中的有硫磺細(xì)菌，硝化細(xì)菌，鐵細(xì)菌，光合細(xì)菌等。異養(yǎng)菌中的假單胞桿菌，放線菌，真菌，原生動物及藻類。在水生細(xì)菌中革蘭氏陰性桿菌最多（占95％），陽性菌占4％，而球菌只占1％。另一些水生細(xì)菌是外來的，它們來自土壤，空氣，垃圾，工廠廢物或城市下水道污水。來自前兩者的微生物一般都是腐生性的，而來自下水道的微生物中，

藻類，原生菌類，原生動物

所有既不是動物、植物或真菌的真核生物就是原生生物，包括纖毛蟲（ciliates），變形蟲（amoebae），瘧原蟲（malarial parasites），粘菌，浮游生物（plankton），海藻（sea weed）和營光合作用的單細(xì)胞游動微生物，如眼蟲等。