北京大學(xué)醫(yī)學(xué)人文學(xué)院，由醫(yī)學(xué)史與醫(yī)學(xué)哲學(xué)系、醫(yī)學(xué)倫理與法律學(xué)系、醫(yī)學(xué)心理學(xué)系、醫(yī)學(xué)語言文化系、健康政治學(xué)系（馬克思主義理論教研中心）、健康信息管理系、體育與健康系及美學(xué)與藝術(shù)教育中心“七系一中心”組成。

學(xué)院設(shè)有四個校級研究中心，即北京大學(xué)醫(yī)史學(xué)研究中心、北京大學(xué)臨床心理中心、北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部性學(xué)研究中心、北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部中美醫(yī)師職業(yè)精神研究中心；七個院級研究中心，即醫(yī)學(xué)史與醫(yī)學(xué)哲學(xué)研究中心、醫(yī)學(xué)心理學(xué)研究中心、醫(yī)學(xué)倫理與法律研究中心、健康與社會發(fā)展研究中心、醫(yī)學(xué)文化與健康傳播研究中心、醫(yī)學(xué)美學(xué)研究中心以及數(shù)據(jù)與案例管理中心。北京醫(yī)科大學(xué)與北京大學(xué)合并后，為加強醫(yī)學(xué)部的公共課與通識課教育，2002年7月，在原北京醫(yī)科大學(xué)社文部、外語教學(xué)部、體育部、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院數(shù)學(xué)教研室、物理教研室和計算機教研室的基礎(chǔ)上組建北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部公共教學(xué)部。王倩為公共教學(xué)部主任和黨總支書記。當(dāng)時的公共教學(xué)部設(shè)有5個學(xué)系：哲學(xué)與社會科學(xué)系、醫(yī)學(xué)人文學(xué)系、醫(yī)用理學(xué)系、應(yīng)用語言學(xué)系、體育學(xué)系。

2008年4月，成立北京大學(xué)醫(yī)學(xué)人文研究院。

2018年11月，北京大學(xué)醫(yī)學(xué)人文研究院/醫(yī)學(xué)部公共教學(xué)部正式更名為北京大學(xué)醫(yī)學(xué)人文學(xué)院。