四個長方形代表復合體 PATHWAY的五種類型：第一種參考通路 (reference pathway)圖是手動畫出來的，即是由內部軟件KegSketch手動繪制的原始版本，其他的通路圖都是通過計算產生的。 pathway中的每一個框 (或線)都對應一個或多個K編號、EC編號及R編號。

生物中的pathway到底指的是什么? 基本上就是由一系列反應底物和酶連接起來的反應。 這種概念本身不需要深究，生物研究不是高考。 關注人家實際上在做啥，自然就知道了。 在生物學中， pathway 通常指的是一個有機體內的生物體系，這個體系可以把一種物質轉化成另一種物質，也可以把一種信號轉化成另一種信號。 具體來說，pathway可以指某一特定代謝過程中可能經(jīng)過的、各具特定功能的基因、蛋白質或代謝底物的有序串聯(lián)。

KEGG 中的 pathway 是根據(jù)相關知識手繪的, 這里的手繪的意思可能是指人工以特定的語言格式來確定通路各組件的聯(lián)系；基因組信息主要是從 NCBI 等數(shù)據(jù)庫中得到的，除了有完整的基因序列外，還有沒完成的草圖；另外 KEGG 中有一個“專有名詞” KO （ KEGG Orthology ），它是蛋白質（酶）的一個分類體系，序列高度相似，并且在同一條通路上有相似功能的蛋白質被歸為一組，然后打上 KO （或 K ）標簽。 下面就首先來講一下 KEGG orthology 。

對于wikipathway 的通路圖而言，有兩個核心概念，基因產物 (gene product) 和代謝物（Metabolites ）。 pathway 簡單理解就是一些列的酶促反應，酶是基因的產物，而酶促反應的底物和產物都可以看做是代謝物； wikipathway 采用gpml格式存儲pathway 中的interaction和 reaction 信息，代謝通路圖中藍色表示代謝物，黑色代表基因產物。