京都大學(xué)起源于1861年（文久元年），原是在長崎設(shè)立的長崎養(yǎng)生所（之后改稱為長崎精得館）。

京都大學(xué)是繼東京大學(xué)成立之后的第二所日本國立大學(xué)，創(chuàng)建于1897年，最初名為京都帝國大學(xué)；二戰(zhàn)后，正式更名為“京都大學(xué)”；2004年改組為國立大學(xué)法人京都大學(xué)。在2018與2019年泰晤士高等教育日本大學(xué)排名中，京都大學(xué)位列日本第1位；位列2019世界大學(xué)學(xué)術(shù)排名全球第32位，日本第2位，在其自然科學(xué)和生命科學(xué)領(lǐng)域均位列全球第21位；位列2021QS世界大學(xué)排名世界第38位。