日本開設(shè)水生動物醫(yī)學(xué)主要開設(shè)在農(nóng)學(xué)，生命科學(xué)以及聯(lián)合獸醫(yī)學(xué)這類專業(yè)名目下面。

其主要的院校為北海道大學(xué)，東京大學(xué)，東京農(nóng)工大學(xué)，日本獸醫(yī)生命科學(xué)大學(xué)，歧阜大學(xué)，北里大學(xué)，日本大學(xué)，廣島大學(xué)，筑波大學(xué)，東京海洋大學(xué)。北海道和九州同時作為兩所帝國大學(xué)，在農(nóng)學(xué)和生命科學(xué)領(lǐng)域都有很強(qiáng)的私立，且兩校在農(nóng)學(xué)及生命科學(xué)的一級學(xué)科世界排名中都在TOP100之內(nèi)。