護照和港澳通行證的區(qū)別有以下兩點:一、目的地不同，護照的目的地是第三方國家，而港澳通行證的目的地是中國香港和澳門這兩個特別行政區(qū)；二、護照和港澳通行證性質(zhì)不同，護照是中華人民共和國公民出入國境和在國外證明國籍和身份的證件，而港澳通行證是中國內(nèi)地居民來往于中國香港和澳門的通行證件。

另外，護照是出入國境專用，可在其他國家證明自己身的證明，出國時可在香港和澳門停留一定的期限。而港澳通行證是中國內(nèi)地居民因私來往香港和澳門時所用，辦理時一般需要簽注，可選擇一年幾次。