1、目的地不同。

內地公民因私事前往香港、澳門，憑我國公安機關簽發(fā)的前往港澳通行證或者往來港澳通行證，從指定的口岸通行。護照的目的地則是第三國家。

2、辦理性質不同。 港澳通行證，俗稱雙程證，是由中華人民共和國公安部出入境管理局簽發(fā)給中國內地居民因私往來香港或澳門地區(qū)旅游、探親、從事商務、培訓、就業(yè)、留學等非公務活動的旅行證件。 中華人民共和國護照是中華人民共和國公民出入國境和在國外證明國籍和身份的證件。

3、簽證或簽注的辦理機構不同。 護照簽證由大使館簽發(fā)，而港澳通行證由公安出入境部門辦理。

4、有效期不同。港澳通行證的簽注有效期最長為1年，如果簽注過期，還需要到公安出入境部門重新辦理簽注。

5、作用不同。護照往往用于出國，而港澳通行證用于出境。