1、1949年，南京大學(xué)邊疆政治系并入北京大學(xué)，組建新的北京大學(xué)東方語言文學(xué)系。

2、1952年，南京大學(xué)師范學(xué)院獨(dú)立，組建南京師范學(xué)院，1984年改名為南京師范大學(xué)。

3、1952年，南京大學(xué)農(nóng)學(xué)院獨(dú)立，組建南京農(nóng)學(xué)院，1988年改名為南京農(nóng)業(yè)大學(xué)。

4、1952年，南京大學(xué)農(nóng)學(xué)院林學(xué)系獨(dú)立，組建南京林學(xué)院，1985年改名為南京林業(yè)大學(xué)。

5、1952年，南京大學(xué)工學(xué)院水利系獨(dú)立，組建華東水利學(xué)院，1985年改名為河海大學(xué)。

6、1952年，南京大學(xué)工學(xué)院航空系獨(dú)立，在南京組建華東航空學(xué)院，后遷至西安改名西安航空學(xué)院，1957年并入組建西北工業(yè)大學(xué)。

7、1952年，南京大學(xué)醫(yī)學(xué)院獨(dú)立，在南京組建華東軍區(qū)醫(yī)學(xué)院，1954年遷至西安合組為第四軍醫(yī)大學(xué)。

8、1952年，南京大學(xué)哲學(xué)系遷至北京，合組新的北京大學(xué)哲學(xué)系。

9、1952年，南京大學(xué)體育系遷至上海，組建華東體育學(xué)院（1956年改名上海體育學(xué)院）。

10、1952年，南京大學(xué)政治系、法律系遷至上海，組建華東政法學(xué)院（后改名為華東政法大學(xué)）。

11、1952年，南京大學(xué)經(jīng)濟(jì)系遷至上海，合組新的復(fù)旦大學(xué)經(jīng)濟(jì)系。

12、1952年，南京大學(xué)農(nóng)學(xué)院園藝系并入浙江農(nóng)學(xué)院（后改名為浙江農(nóng)業(yè)大學(xué)）。

13、 1952年，南京大學(xué)農(nóng)學(xué)院園藝系果樹組并入山東農(nóng)學(xué)院（后改名為山東農(nóng)業(yè)大學(xué)）。

14、南京大學(xué)工學(xué)院獨(dú)立，組建南京工學(xué)院（1988年改名為東南大學(xué)）。后來，南京工學(xué)院有關(guān)院系又獨(dú)立出去成為新的大學(xué)：15、南京工學(xué)院無線電工程系三分之一師資于1956年西遷成都，同交通大學(xué)、華南工學(xué)院相關(guān)系科共同組建成都電訊工程學(xué)院（今電子科技大學(xué)）。

16、南京工學(xué)院化學(xué)工程系于1958年獨(dú)立，成立南京化工學(xué)院（今南京工業(yè)大學(xué)主體）；17、南京工學(xué)院食品工程系獨(dú)立，遷往無錫，成立無錫輕工學(xué)院（今江南大學(xué)主體）。

18、南京工學(xué)院農(nóng)業(yè)機(jī)械系于1960獨(dú)立，遷往鎮(zhèn)江，成立鎮(zhèn)江農(nóng)業(yè)機(jī)械學(xué)院（今江蘇大學(xué)主體）。

19、1956年，南京大學(xué)心理系遷至北京，組建中國科學(xué)院心理研究所。

20、1960年，中國氣象局和南京大學(xué)合作建立南京大學(xué)氣象學(xué)院，1963年獨(dú)立為南京氣象學(xué)院，2004年改名為南京信息工程大學(xué)。