復(fù)旦大學(xué)上海醫(yī)學(xué)院始建于1927年，創(chuàng)立時名為國立第四中山大學(xué)醫(yī)學(xué)院，是中國創(chuàng)辦的第一所國立大學(xué)醫(yī)學(xué)院。

1928年5月更名為國立中央大學(xué)醫(yī)學(xué)院，1932年獨立為國立上海醫(yī)學(xué)院，為當(dāng)時中國唯一的國立醫(yī)學(xué)院。

1939年，抗戰(zhàn)爆發(fā)后，學(xué)院內(nèi)遷至云南昆明；1940年輾轉(zhuǎn)遷至四川重慶。

1946年，抗戰(zhàn)勝利，學(xué)院遷回上海。

1952年，更名為上海第一醫(yī)學(xué)院。

1959年，被定為全國16所重點高等學(xué)校之一。

1985年，更名為上海醫(yī)科大學(xué)。

2000年，上海醫(yī)科大學(xué)和復(fù)旦大學(xué)合并辦學(xué)，組建成為新的復(fù)旦大學(xué)。

2012年，新的上海醫(yī)學(xué)院成立。

2018年12月21日，教育部、國家衛(wèi)生健康委員會、上海市人民政府正式簽約，在保持體制不變的原則上，共建托管復(fù)旦大學(xué)上海醫(yī)學(xué)院及其直屬附屬醫(yī)院。

2019年6月14日，復(fù)旦大學(xué)上海醫(yī)學(xué)院高水平地方高校試點建設(shè)正式啟動。