北京協(xié)和醫(yī)學院是清華大學醫(yī)學部首先，清華大學醫(yī)學院和清華大學醫(yī)學部不是一個概念，兩者目前都存在。

清華大學醫(yī)學院是清華大學的一個院系，而清華大學醫(yī)學部則是北京協(xié)和醫(yī)學院。清華大學醫(yī)學部這個稱呼北京協(xié)和醫(yī)學院只在有些場合用（例如選調(diào)生，出國，申請基金等）。清華和協(xié)和合作辦學：協(xié)和臨床八年制前兩年半在清華讀，招生學籍管理也在清華；清華八年制后三年則在協(xié)和醫(yī)院做臨床見習實習！協(xié)和醫(yī)學院除護理外所以畢業(yè)生都有清華大學和協(xié)和醫(yī)學院雙章，其他兩者幾乎無交集！清華大學和北京協(xié)和醫(yī)學院都有各自的臨床醫(yī)學八年制，高招都在清華大學臨床醫(yī)學類里，清華的八年制叫醫(yī)學實驗班，協(xié)和八年制叫臨床醫(yī)學（協(xié)和）。清華八年制和協(xié)和八年制前兩年半都在清華大學，后三年都在協(xié)和醫(yī)院做臨床，區(qū)別是大四大五清華八年制公費去海外做科研，協(xié)和八年制在協(xié)和醫(yī)學院學醫(yī)學基礎(chǔ)課。兩者一直合作辦學，不合并也沒分手，同床異夢各取所需！