學校創(chuàng)建于1896年，原各南洋公學，1911年更明為南洋大學堂。

1929年更名為國立交通大學，1949年更名為交通大學，1957年經歷西遷與分設，分為交通大學上海部分和西安部分，1959年交通大學上海部分啟用“上海交通大學”校啟，1999年原上海農學院并入，2005年與原上海第二醫(yī)科大學合并。