17、18世紀(jì)，除去某些例外，可以稱為歐洲高等教育的黑暗時(shí)代。

各地新教教派的興起，在學(xué)術(shù)界樹(shù)起了宗教的藩籬，使學(xué)術(shù)的基本價(jià)值觀念從屬于教派和地方勢(shì)力，嚴(yán)重破壞了知識(shí)普遍性的觀念，傳統(tǒng)大學(xué)開(kāi)始帶有地方、區(qū)域和民族的特點(diǎn)。歐洲各國(guó)大學(xué)或高等教育機(jī)構(gòu)更加注重民族、國(guó)家和地區(qū)的利益，力求將大學(xué)改造成為為地方政治或民族、國(guó)家發(fā)展服務(wù)的機(jī)構(gòu)。在這一時(shí)期，歐洲各國(guó)大學(xué)日漸由開(kāi)放走向封閉，大學(xué)也與現(xiàn)實(shí)社會(huì)嚴(yán)重脫離，逐漸走向衰落。入學(xué)人數(shù)的驟降，標(biāo)志了17、18世紀(jì)的歐洲大學(xué)走向衰敗。