自然科學(xué)基金聯(lián)合基金是由國(guó)家自然科學(xué)基金委員會(huì)與聯(lián)合資助方共同提供資金，針對(duì)商自然科學(xué)基金聯(lián)合基金是由國(guó)家自然科學(xué)基金委員會(huì)與聯(lián)合資助方共同提供資金，針對(duì)商定的科學(xué)與技術(shù)領(lǐng)域內(nèi)的基礎(chǔ)研究進(jìn)行共同支持的基金項(xiàng)目。

聯(lián)合資助方可以是政府部門、事業(yè)單位、企業(yè)或其他法人組織。在管理方式上，自然科學(xué)基金聯(lián)合基金按照自然科學(xué)基金的方式，由雙方共同管理，并會(huì)制定并發(fā)布年度項(xiàng)目指南，以引導(dǎo)申請(qǐng)方向。特別地，自然科學(xué)基金委與地方政府共同出資設(shè)立的區(qū)域創(chuàng)新發(fā)展聯(lián)合基金，其目標(biāo)是發(fā)揮國(guó)家自然科學(xué)基金的導(dǎo)向作用，吸引全國(guó)的優(yōu)勢(shì)科研力量，圍繞區(qū)域經(jīng)濟(jì)與社會(huì)發(fā)展中的重大需求來(lái)進(jìn)行基礎(chǔ)研究和應(yīng)用基礎(chǔ)研究。這旨在促進(jìn)跨區(qū)域、跨部門的協(xié)同創(chuàng)新，推動(dòng)我國(guó)區(qū)域自主創(chuàng)新能力的提升。例如，2023年度區(qū)域創(chuàng)新發(fā)展聯(lián)合基金就以重點(diǎn)支持項(xiàng)目或集成項(xiàng)目的形式予以資助，其中重點(diǎn)支持項(xiàng)目的直接費(fèi)用平均資助強(qiáng)度約為260萬(wàn)元/項(xiàng)。