當(dāng)時命名復(fù)旦來自“旦復(fù)旦兮，日月光華”。

馬相伯老先生當(dāng)時是變賣三千畝家產(chǎn)辦學(xué)的，他是虔誠的基督徒，起初震旦公學(xué)跟教會聯(lián)系緊密，但后來出現(xiàn)了沖突:一方面，馬相伯老先生辦學(xué)是因為胞弟在革命中喪生，他深感要為革命和國家培養(yǎng)人才，所以立志辦學(xué)，希望能傳播先進(jìn)文明;另一方面，教會希望把學(xué)校變成傳教基地。沖突之下，馬相伯老先生和部分學(xué)生離開震旦公學(xué)，另辦復(fù)旦，所以又有說法稱，復(fù)旦有“恢復(fù)震旦”之意。需要注意的是，震旦其實也是中國的別稱。所以可以說1905年復(fù)旦之“恢復(fù)震旦”，另有恢復(fù)中華之意。只是“恢復(fù)震旦”之說沒有“旦復(fù)旦兮，日月光華”流傳得廣。