上海醫(yī)學(xué)院前身是國(guó)立中央大學(xué)（1949年改為南京大學(xué)）醫(yī)學(xué)院，成立于1927年，是中國(guó)創(chuàng)辦的第一所國(guó)立大學(xué)醫(yī)學(xué)院。

1927年，醫(yī)學(xué)院在上海吳淞創(chuàng)立，顏福慶出任首任院長(zhǎng)。

1928年2月，主校更名為國(guó)立江蘇大學(xué)。同年5月，再更名為國(guó)立中央大學(xué)，醫(yī)學(xué)院又先后更名為江蘇大學(xué)醫(yī)學(xué)院、中央大學(xué)醫(yī)學(xué)院。

1932年，醫(yī)學(xué)院獨(dú)立為國(guó)立上海醫(yī)學(xué)院，是中國(guó)唯一的國(guó)立醫(yī)學(xué)院。

1936年，中山醫(yī)院建成。

1937年，抗戰(zhàn)爆發(fā)，學(xué)院內(nèi)遷至云南昆明白龍?zhí)叮?940年輾轉(zhuǎn)遷至四川重慶歌樂(lè)山。

1946年，抗戰(zhàn)勝利，學(xué)院回遷上海。

1952年，學(xué)院更名為“上海第一醫(yī)學(xué)院”。

1959年，學(xué)院被定為全國(guó)16所重點(diǎn)高等學(xué)府之一。

1956年，為支持國(guó)家“三線”建設(shè)，上海第一醫(yī)學(xué)院部份院系及相應(yīng)重點(diǎn)學(xué)科（地方病防治學(xué)、高山病學(xué)、傳染學(xué)、神經(jīng)學(xué)、兒科學(xué)及內(nèi)科診斷學(xué)）西遷重慶，組建上海第一醫(yī)學(xué)院重慶分校，其附屬華山醫(yī)院、中山醫(yī)院和兒科醫(yī)院也部份西遷至重慶，組建為上海第一醫(yī)學(xué)院附屬重慶第一醫(yī)院和重慶市兒童醫(yī)院，同年，上海第一醫(yī)學(xué)院重慶分院脫離上海第一醫(yī)學(xué)院管理，獨(dú)立成立重慶醫(yī)學(xué)院（重慶醫(yī)科大學(xué)的前身），其在渝附屬醫(yī)院也劃歸重慶醫(yī)學(xué)院。

1985年，上海第一醫(yī)學(xué)院改名為上海醫(yī)科大學(xué)。

1995年，通過(guò)211工程預(yù)審，為上海第一所獲此資格的高校。

2000年，上海醫(yī)科大學(xué)和復(fù)旦大學(xué)合并辦學(xué)，組建為新的復(fù)旦大學(xué)。上海醫(yī)科大學(xué)被拆分為若干直屬于復(fù)旦大學(xué)的院系，“上醫(yī)”名稱一度被取消；2001年，撤銷基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院和臨床醫(yī)學(xué)院的建制，合并組建新的醫(yī)學(xué)院，經(jīng)師生校友爭(zhēng)取，命名為“上海醫(yī)學(xué)院”。

2011年，各醫(yī)學(xué)院系所重新整合，新的上海醫(yī)學(xué)院成立。