震旦大學(xué)的前身是震旦學(xué)校、震旦學(xué)院。

光緒二十八年（1902）初冬，南洋公學(xué)（交通大學(xué)前身）發(fā)生學(xué)生集體退學(xué)事情，馬相伯的學(xué)生、總教習(xí)蔡元培介紹南洋公學(xué)部分學(xué)生向馬相伯求學(xué)。馬相伯有感中國大學(xué)教育之艱難，萌發(fā)自己創(chuàng)立大學(xué)之念，租用上海徐家匯老天文臺余屋，于1903年2月28日創(chuàng)辦震旦學(xué)院?！罢鸬睘殍笪?，“中國”之謂，含“東方日出，前途無量”之意。震旦學(xué)院成立后，馬相伯任監(jiān)院（即院長），學(xué)校以“廣延通儒，培養(yǎng)譯才”為宗旨，設(shè)文學(xué)、質(zhì)學(xué)（科學(xué)）專業(yè)，學(xué)制二年，后來發(fā)展為文學(xué)、致知（哲學(xué)）、象數(shù)（數(shù)學(xué)）、形性（理科）四大學(xué)科。震旦學(xué)院開學(xué)初期，學(xué)生很少，只有20人。但是漸漸來震旦學(xué)院求學(xué)的人就多了起來，一年后，學(xué)生近百人，是開辦時的4倍。學(xué)校是教會辦的，講課用西語，其教材自然選擇西語教材。光緒三十一年（1905）春，在課程設(shè)置和校務(wù)管理上，馬相伯與耶穌教會發(fā)生沖突，耶穌會欲變震旦為教會學(xué)校，讓馬相伯“養(yǎng)病”退出，另派法國神父南從周為總教習(xí)，改變辦學(xué)方針，另立規(guī)章。學(xué)生大嘩，摘下校牌，全體退學(xué)。馬相伯決議站在學(xué)生一邊，在張謇、嚴(yán)復(fù)、袁希濤、熊希齡等社會名流，以及兩江總督周馥的支持下，在江灣另創(chuàng)復(fù)旦公學(xué)（后來的復(fù)旦大學(xué)），1905年9月13日復(fù)旦公學(xué)開學(xué)。校名“復(fù)旦”二字選自《尚書大傳·虞夏傳》中“日月光華，旦復(fù)旦兮”的名句，意在自強(qiáng)不息，寄托當(dāng)時中國知識分子自主辦學(xué)、教育強(qiáng)國的希望。光緒三十四年（1908），由耶穌會接辦的震旦學(xué)院擬遷址盧家灣，馬相伯不計前嫌，捐現(xiàn)銀4萬元，及公共租界、法租界地基8處（時值10萬多元），以購置呂班路（今重慶南路）土地100畝，建造新校舍。

1932年震旦學(xué)院在教育部注冊，改名震旦大學(xué)，下社文學(xué)院、法學(xué)院、醫(yī)學(xué)院和理學(xué)院。理學(xué)院有數(shù)理學(xué)、機(jī)電工程學(xué)、建筑工程學(xué)、化學(xué)工程學(xué)四個系。從1912年開始，震旦學(xué)院就授予理學(xué)碩士學(xué)位。

1917年授予第一批醫(yī)學(xué)博士學(xué)位。

1937年秋，震旦創(chuàng)建震旦女子學(xué)院，院址在蒲石路（今長樂路）。到1939年9月，震旦女子學(xué)院有學(xué)生120人。震旦大學(xué)的教學(xué)以法國大學(xué)學(xué)士學(xué)位教程為模板，學(xué)制預(yù)科三年，高級科目三年，醫(yī)科六年（預(yù)科二年），學(xué)生畢業(yè)相當(dāng)于法國碩士水平。震旦大學(xué)的醫(yī)學(xué)學(xué)科，當(dāng)年非常有名，1915年時可以授予醫(yī)學(xué)博士學(xué)位。震旦大學(xué)的規(guī)模比較少，但是醫(yī)科特別有名。醫(yī)科淘汰率高，從1932年起，醫(yī)科學(xué)生招生55名，但是能夠順利畢業(yè)的學(xué)生，每屆不過二三十名，到1934年該學(xué)院畢業(yè)的醫(yī)生總共才89名。

1932年獲教育部批準(zhǔn)立案，醫(yī)科改為醫(yī)學(xué)院，增設(shè)牙醫(yī)系，學(xué)制四年。

1948年牙醫(yī)系改稱牙醫(yī)學(xué)院，學(xué)制六年。震旦大學(xué)的醫(yī)科在民國時期還是有聲譽(yù)的，在教會創(chuàng)辦的醫(yī)院中，75％以上的醫(yī)師都是震旦大學(xué)醫(yī)學(xué)院的畢業(yè)生。

1952年院系調(diào)整，私立震旦大學(xué)被拆銷，醫(yī)學(xué)院與圣約翰大學(xué)醫(yī)學(xué)院、德醫(yī)學(xué)院，合并成立上海第二醫(yī)學(xué)院（上海第二醫(yī)科大學(xué)），校址在原震旦大學(xué)盧灣校址。

2005年7月18日第二醫(yī)科大學(xué)并入上海交通大學(xué)。