1、培養(yǎng)方向不同根據(jù)我國的有關(guān)規(guī)定，科學(xué)碩士教育以培養(yǎng)教學(xué)和科研人才為主，授予學(xué)位的類型主要是學(xué)術(shù)型學(xué)位；而專業(yè)碩士是具有職業(yè)背景的碩士學(xué)位，為培養(yǎng)特定職業(yè)高層次專門人才而設(shè)置。

2、招生條件不同專業(yè)碩士要求報考者有一定年限的工作經(jīng)歷，而科學(xué)碩士則不需要。絕大多數(shù)專業(yè)碩士還要求在職人員報考需經(jīng)所在單位或相應(yīng)管理部門的同意，有的甚至要求所在單位推薦等。

3、招生考試不同科學(xué)碩士的招生考試只有年初的“統(tǒng)考”，而統(tǒng)考以外的專業(yè)考試則由各招生單位自行命題、閱卷。專業(yè)碩士的招生考試有10月份的“聯(lián)考”和年初的“統(tǒng)考”兩次機(jī)會，考生可以自行選擇。

4、學(xué)習(xí)方式不同科學(xué)碩士： 全日制學(xué)習(xí)。一般為3年。專業(yè)碩士： 半脫產(chǎn)，學(xué)制2－3年。