雅典大學現(xiàn)有5個學院22個系，還有7個獨立的系科。
由院長負責全院的工作，下設系主任及專業(yè)主任。每個學院設有學院代表大會、院長理事會、院長。系管理機構有代表大會、管理理事會、系主任。專業(yè)的管理機構則是代表大會、專業(yè)主任。各 院系隸屬關系如下：神學院：神學系、牧師神學系。法律、經(jīng)濟、政治學院：法律系、經(jīng)濟學系、政治公共管理系。衛(wèi)生學院：醫(yī)學系（附設大學醫(yī)院）、牙科學系、藥學系、護理學系。藝術學院：希臘語言文學系、歷史與考古學系、哲學、教育與心理學系、英國語言文學系、法國語言文學系、外國文化系。獨立的系有：體育與體育教育系、小學教育系、學前教育系、家政系、戲劇研究系、大眾傳播系、音樂系。有些系開設研究生課程，可授予博士學位。
