醫(yī)院的前身為博愛醫(yī)院，建于1917年，1955年改為大連市立二院，是大連市最早設立中醫(yī)門診部和中醫(yī)住院部的綜合性醫(yī)院。

1985年掛牌為中西醫(yī)結合醫(yī)院，1994年評為中西醫(yī)結合三級甲等醫(yī)院，1999年增掛大連市骨科醫(yī)院牌匾。

2007年2月，大連市第二人民醫(yī)院被正式確定為國家中醫(yī)藥管理局10所重點中西醫(yī)結合醫(yī)院建設單位之一。