首都醫(yī)科大學擁有14所臨床醫(yī)學院（其中13所臨床醫(yī)學院是附屬醫(yī)院），包括宣武醫(yī)院（第一臨床醫(yī)學院）、附屬北京友誼醫(yī)院(第二臨床醫(yī)學院)、附屬北京朝陽醫(yī)院(第三臨床醫(yī)學院)、附屬北京同仁醫(yī)院(第四臨床醫(yī)學院)、附屬北京天壇醫(yī)院(第五臨床醫(yī)學院)、附屬北京安貞醫(yī)院(第六臨床醫(yī)學院)、附屬復興醫(yī)院(第八臨床醫(yī)學院)、附屬北京佑安醫(yī)院（第九臨床醫(yī)學院）、附屬北京兒童醫(yī)院(兒科醫(yī)學院)、附屬北京口腔醫(yī)院(口腔醫(yī)學院)、附屬北京安定醫(yī)院(精神衛(wèi)生學院)、附屬北京婦產(chǎn)醫(yī)院(婦產(chǎn)醫(yī)學院)、附屬北京中醫(yī)醫(yī)院(中醫(yī)藥臨床醫(yī)學院)和康復醫(yī)學院（中國康復研究中心），以及預防醫(yī)學教學基地（北京市疾病預防控制中心）。

中國協(xié)和醫(yī)科大學2006年更名為北京協(xié)和醫(yī)學院（清華大學醫(yī)學部），學校原有六所附屬醫(yī)院：北京協(xié)和醫(yī)院、阜外心血管病醫(yī)院、中國醫(yī)學科學院腫瘤醫(yī)院、中國醫(yī)學科學院整形外科醫(yī)院、天津血液病醫(yī)院、南京皮膚病醫(yī)院）。此外還擁有北京天壇醫(yī)院（與北京市共建）、中國航天科技集團公司總醫(yī)院、煤炭工業(yè)部總醫(yī)院等教學醫(yī)院。