1636年哈佛大學前身為哈佛學院。

1636年10月28日，馬薩諸塞海灣殖民地議會通過決議，決定籌建一所像英國劍橋大學那樣的高等學府,撥款400萬英鎊。由于創(chuàng)始人中不少人出身于英國劍橋大學，他們就把哈佛大學所在的新鎮(zhèn)命名為劍橋。

1638年正式開學，第一屆學生共9名。

1638年9月14日，牧師兼伊曼紐爾學院院長的J．哈佛病逝，他把一半積蓄720英鎊和400余冊圖書捐贈給這所學校。

1639年3月13日，馬薩諸塞海灣殖民地議會通過決議，把這所學校命名為哈佛學院。在建校的最初一個半世紀中，學校體制主要仿照歐洲大學。

1721年正式設(shè)立神學教授職位，1727年設(shè)立數(shù)學和自然科學教授職位,1780年設(shè)立醫(yī)學教授職位。同年擴建成哈佛大學；1816年成立神學院，1817年成立法學院，以后各學院相繼在19世紀成立。教育學院成立于1990年；1936年又成立了政治學院(1966年命名為J．F。肯尼迪政治學院)。

1966年以來，哈佛大學共設(shè)10個研究生院，即文理、商業(yè)管理、設(shè)計、牙科醫(yī)學、神學、教育、法學、醫(yī)學、公共衛(wèi)生和肯尼迪政治學院；2個招收大學本科生的學院，即哈佛學院和拉德克利夫?qū)W院；并設(shè)繼續(xù)教育辦公室，專門負責暑期學校、附設(shè)課程和終身學習中心。牙科醫(yī)學、醫(yī)學、公共衛(wèi)生等3個研究生院設(shè)立在波士頓，其余各學院均集中于劍橋。各學院具有相對的獨立性，哈佛歷任校長堅持3A原則，即學術(shù)自由、學術(shù)自治和學術(shù)中立（這三個原則英文詞第一個字母均是A).