1636年哈佛大學(xué)前身為哈佛學(xué)院。

1636年10月28日，馬薩諸塞海灣殖民地議會通過決議，決定籌建一所像英國劍橋大學(xué)那樣的高等學(xué)府,撥款400萬英鎊。由于創(chuàng)始人中不少人出身于英國劍橋大學(xué)，他們就把哈佛大學(xué)所在的新鎮(zhèn)命名為劍橋。

1638年正式開學(xué)，第一屆學(xué)生共9名。

1638年9月14日，牧師兼伊曼紐爾學(xué)院院長的J．哈佛病逝，他把一半積蓄720英鎊和400余冊圖書捐贈給這所學(xué)校。

1639年3月13日，馬薩諸塞海灣殖民地議會通過決議，把這所學(xué)校命名為哈佛學(xué)院。在建校的最初一個半世紀(jì)中，學(xué)校體制主要仿照歐洲大學(xué)。

1721年正式設(shè)立神學(xué)教授職位，1727年設(shè)立數(shù)學(xué)和自然科學(xué)教授職位,1780年設(shè)立醫(yī)學(xué)教授職位。同年擴(kuò)建成哈佛大學(xué)；1816年成立神學(xué)院，1817年成立法學(xué)院，以后各學(xué)院相繼在19世紀(jì)成立。教育學(xué)院成立于1990年；1936年又成立了政治學(xué)院(1966年命名為J．F。肯尼迪政治學(xué)院)。

1966年以來，哈佛大學(xué)共設(shè)10個研究生院，即文理、商業(yè)管理、設(shè)計、牙科醫(yī)學(xué)、神學(xué)、教育、法學(xué)、醫(yī)學(xué)、公共衛(wèi)生和肯尼迪政治學(xué)院；2個招收大學(xué)本科生的學(xué)院，即哈佛學(xué)院和拉德克利夫?qū)W院；并設(shè)繼續(xù)教育辦公室，專門負(fù)責(zé)暑期學(xué)校、附設(shè)課程和終身學(xué)習(xí)中心。牙科醫(yī)學(xué)、醫(yī)學(xué)、公共衛(wèi)生等3個研究生院設(shè)立在波士頓，其余各學(xué)院均集中于劍橋。各學(xué)院具有相對的獨(dú)立性，哈佛歷任校長堅持3A原則，即學(xué)術(shù)自由、學(xué)術(shù)自治和學(xué)術(shù)中立（這三個原則英文詞第一個字母均是A).