原衛(wèi)生部直屬的11所醫(yī)科大學(xué)包括同濟(jì)醫(yī)科大學(xué)、華西醫(yī)科大學(xué)、北京醫(yī)科大學(xué)、湖南醫(yī)科大學(xué)、北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院、上海醫(yī)科大學(xué)、中國醫(yī)科大學(xué)、西安醫(yī)科大學(xué)、白求恩醫(yī)科大學(xué)、山東醫(yī)科大學(xué)、中山醫(yī)科大學(xué)。

由于體制改革，衛(wèi)生部不再直接管理高校，原直屬管理的11所醫(yī)學(xué)院校面臨著抉擇，要么跟其它綜合性大學(xué)合并，要么管理權(quán)限下放。于是，有8所醫(yī)科大學(xué)在2000年就完成了合并，1所醫(yī)科大學(xué)劃歸了地方管理。

2001年，中山醫(yī)科大學(xué)與中山大學(xué)合并，成為了中山大學(xué)醫(yī)學(xué)院，2006年，北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院與清華大學(xué)合作辦學(xué)。至此，醫(yī)科大學(xué)的合并浪潮基本結(jié)束，原衛(wèi)生部11所醫(yī)科大學(xué)中的9所完成了合并。