1958年4月，周恩來總理親自批復(fù)成立湖南省屬綜合性大學(xué)——吉首大學(xué)。

包括中文系，數(shù)學(xué)科。

1960年，湖南省內(nèi)高校進(jìn)行調(diào)整，吉首大學(xué)保留校名，建立師專。同年成立理化組，物理科。

1972年，成立吉首大學(xué)外國(guó)語(yǔ)學(xué)院。

1973年，成立的化學(xué)科。

1976年10月，黨中央一舉粉碎“四人幫”反革命集團(tuán)，結(jié)束了十年內(nèi)亂。在省委書記華國(guó)鋒等領(lǐng)導(dǎo)的關(guān)心下，吉首大學(xué)迅速恢復(fù)了學(xué)校秩序。

1978年8月，吉首大學(xué)復(fù)升為省屬綜合性大學(xué)，同時(shí)湖南醫(yī)科大學(xué)（現(xiàn)中南大學(xué)湘雅醫(yī)學(xué)院）湘西分院并入吉首大學(xué)組建醫(yī)療系，湘潭大學(xué)湘西分校并入吉首大學(xué)組建體育系，湖南醫(yī)學(xué)院湘西分院并入吉首大學(xué)組建醫(yī)療系。

1979年，吉首大學(xué)開始招收本科學(xué)生。同年，成立馬列主義教研室。

1980年，數(shù)學(xué)科更名為數(shù)學(xué)系。

1982年，馬列主義教研室更名為政治系。

1983年，生物專業(yè)正式建立。

1984年，創(chuàng)辦民族音樂科，物理科更名為物理系，生物專業(yè)與化學(xué)專業(yè)合并建立吉首大學(xué)生化系。

1986年，開辦商科教育，成立的化學(xué)系。

1987年，成立經(jīng)濟(jì)管理系。生物系從生化系獨(dú)立。馬列主義教研室從政治系獨(dú)立，成立馬列部，先后改社科 部、兩課部。

1988年，吉首大學(xué)成立美術(shù)學(xué)院。

1994年，成立民族預(yù)科部。

1996年，數(shù)學(xué)系更名為數(shù)學(xué)與計(jì)算機(jī)科學(xué)系。民族音樂科更名為藝術(shù)系。

1997年，物理系更名為物理與電子工程系。生物系更名為生物學(xué)與環(huán)境科學(xué)系。

1999年，生物學(xué)與環(huán)境科學(xué)系與化學(xué)系共同組建吉首大學(xué)第一個(gè)學(xué)院——吉首大學(xué)生命科學(xué)與化學(xué)學(xué)院。

2000年，吉首衛(wèi)生學(xué)校并入吉首大學(xué)，與醫(yī)療系合并組建吉首大學(xué)醫(yī)學(xué)院。

2001年，湘西民族教育學(xué)院與吉首民族師范學(xué)校并入吉首大學(xué)組建吉首大學(xué)師范學(xué)院。生命科學(xué)與化學(xué)學(xué)院更名為吉首大學(xué)資源與環(huán)境學(xué)院。

2002年，武陵高等?？茖W(xué)校并入吉首大學(xué)成為吉首大學(xué)張家界校區(qū)。 撤經(jīng)濟(jì)管理系成立吉首大學(xué)商學(xué)院。撤中文系組建吉首大學(xué)文學(xué)與新聞傳播學(xué)院。張家界校區(qū)工藝美術(shù)系和校本部藝術(shù)系藝術(shù)設(shè)計(jì)專業(yè)合并組建美術(shù)系。張家界校區(qū)人文社會(huì)科學(xué)系并入校本部政法學(xué)院。同年，吉首大學(xué)張家界學(xué)院成立。

2003年，吉首大學(xué)成立吉首大學(xué)國(guó)際交流與公共外語(yǔ)教育學(xué)院。吉首大學(xué)獲得碩士學(xué)位授予權(quán)。原生命科學(xué)與化學(xué)學(xué)院的化學(xué)專業(yè)和食品科學(xué)與工程專業(yè)重組吉首大學(xué)化學(xué)化工學(xué)院。從資源與環(huán)境學(xué)院中獨(dú)立成立吉首大學(xué)生物資源與環(huán)境科學(xué)學(xué)院。

2004年，國(guó)家教育部指定中山大學(xué)對(duì)口支援吉首大學(xué)，吉首大學(xué)開始加速發(fā)展。同年，成立吉首大學(xué)法學(xué)與公共管理學(xué)院，吉首大學(xué)體育科學(xué)學(xué)院，法學(xué)院和政治與公共管理學(xué)院。物理與電子工程系更名為物理科學(xué)與信息工程學(xué)院。數(shù)學(xué)與計(jì)算機(jī)科學(xué)系更名為數(shù)學(xué)與計(jì)算機(jī)科學(xué)學(xué)院。兩課部再次從政法學(xué)院獨(dú)立出來，成立政治理論課部。

2005年，美術(shù)系改建為吉首大學(xué)美術(shù)學(xué)院。政治理論課部更名為吉首大學(xué)馬克思主義學(xué)院。

2006年6月，湘西自治州人民醫(yī)院成為吉首大學(xué)第一附屬醫(yī)院。

2006年，吉首大學(xué)在教育部本科教學(xué)工作水平評(píng)估中獲得優(yōu)秀。

2008年，國(guó)家教育部指定中南大學(xué)、中山大學(xué)對(duì)口支援吉首大學(xué)。

200X年，吉首市人民醫(yī)院成為吉首大學(xué)第二附屬醫(yī)院。

2010年，在湖南省研究生培養(yǎng)過程質(zhì)量評(píng)估中獲得優(yōu)秀。

2011年，吉首大學(xué)成為國(guó)家武陵山片區(qū)區(qū)域發(fā)展與扶貧攻堅(jiān)戰(zhàn)略重點(diǎn)支持大學(xué)。同年，吉首大學(xué)信息科學(xué)與工程學(xué)院。旅游學(xué)院更名為吉首大學(xué)旅游與管理工程學(xué)院。數(shù)學(xué)與計(jì)算機(jī)科學(xué)學(xué)院更名為吉首大學(xué)數(shù)學(xué)與統(tǒng)計(jì)學(xué)院。物理科學(xué)與信息工程學(xué)院重組，成立吉首大學(xué)物理與機(jī)電工程學(xué)院。法學(xué)院與政治與公共管理學(xué)院中的公共事業(yè)管理專業(yè)、文化產(chǎn)業(yè)管理專業(yè)合并成立吉首大學(xué)法學(xué)與公共管理學(xué)院。

2012年，吉首大學(xué)成功入選國(guó)家中西部高?；A(chǔ)能力建設(shè)工程。同 年，成為教育部第一批“卓越醫(yī)生教育培養(yǎng)計(jì)劃”試點(diǎn)大學(xué)，承擔(dān)國(guó)家首批“服務(wù)國(guó)家特殊需求博士人才培養(yǎng)項(xiàng)目”。

2013年6月，湘西州民族中醫(yī)院成為吉首大學(xué)附屬中醫(yī)院。同年，吉首大學(xué)開始招收博士研究生。

2014年，吉首大學(xué)獲批民族學(xué)、工商管理2個(gè)博士后流動(dòng)站。同年9月，入選“卓越農(nóng)林人才教育培養(yǎng)計(jì)劃”試點(diǎn)大學(xué)。

2015年1月，重慶市黔江中心醫(yī)院成為吉首大學(xué)附屬黔江醫(yī)院。

2015年3月，《吉首大學(xué)章程》獲湖南省教育廳核準(zhǔn)通過并公布實(shí)施。

2016年，國(guó)家民委與湖南省人民政府達(dá)成共識(shí)，簽署了《國(guó)家民委湖南省人民政府共建吉首大學(xué)協(xié)議》。

2016年5月，意大利米蘭理工大學(xué)民族文化視覺設(shè)計(jì)與傳達(dá)創(chuàng)新實(shí)驗(yàn)基地落戶吉首大學(xué)。清華大學(xué)與吉首大學(xué)簽署對(duì)口支援協(xié)議。[7]吉首大學(xué)成功入選中西部高?；A(chǔ)能力建設(shè)工程（二期）。

2016年6月，吉首大學(xué)黃永玉藝術(shù)博物館加入全國(guó)高校博物館育人聯(lián)盟。

2016年12月，懷化市第一人民醫(yī)院成為吉首大學(xué)附屬第四醫(yī)院。

2017年7月，吉首大學(xué)獲得推薦優(yōu)秀應(yīng)屆本科畢業(yè)生免試攻讀碩士學(xué)位研究生資格。

2018年，吉首大學(xué)獲批為國(guó)家博士學(xué)位授權(quán)單位。

2018年，吉首大學(xué)入選湖南省本科院校“雙一流”建設(shè)項(xiàng)目。

2019年9月6日，吉首大學(xué)“十八洞”鄉(xiāng)村振興學(xué)院成立。

2020年9月7日，吉首大學(xué)藥學(xué)院正式成立。

2020年12月22日，銅仁市人民醫(yī)院成為吉首大學(xué)附屬第六醫(yī)院。