北京中醫(yī)藥大學(xué)設(shè)有中醫(yī)學(xué)院、中藥學(xué)院、生命科學(xué)學(xué)院、針灸推拿學(xué)院、管理學(xué)院、護(hù)理學(xué)院等招生機(jī)構(gòu)。

中醫(yī)學(xué)院：中醫(yī)學(xué)專業(yè)（七年制科研方向、七年制中西醫(yī)結(jié)合方向、七年制中醫(yī)骨傷方向、七年制中醫(yī)臨床方向、五年制）。中藥學(xué)院：本科生教育有中藥學(xué)專業(yè)(中藥方向；中藥資源方向；中藥分析方向）和制藥工程專業(yè)（中藥制藥方向；生物制藥方向）兩個(gè)專業(yè)五個(gè)方向。針灸推拿學(xué)院：針灸推拿學(xué)（五年制）、中醫(yī)學(xué)(針灸推拿方向)、中醫(yī)學(xué)(對(duì)外交流方向)、中醫(yī)學(xué)(針推康復(fù)方向)。護(hù)理學(xué)院：護(hù)理學(xué)專業(yè)。 管理學(xué)院：下設(shè)衛(wèi)生管理系、工商管理系兩個(gè)系，現(xiàn)有公共事業(yè)管理、工商管理、信息管理與信息系統(tǒng)、健康管理等4個(gè)本?？茖I(yè)。