學(xué)林街11幢11號附近杭州師范大學(xué)臨床醫(yī)學(xué)院前身是浙江醫(yī)科大學(xué)杭州分校臨床醫(yī)學(xué)系，1979年建立，1993年更名為杭州醫(yī)學(xué)高等?？茖W(xué)校臨床醫(yī)學(xué)部，2001年更名為杭州師范大學(xué)醫(yī)學(xué)院臨床醫(yī)學(xué)系，2004年杭州師范大學(xué)成立臨床醫(yī)學(xué)院，附屬醫(yī)院（杭州市第二人民醫(yī)院）更名為杭州師范大學(xué)附屬醫(yī)院。

2013年與杭州師范大學(xué)護理學(xué)院、杭州師范大學(xué)健康管理學(xué)院（原醫(yī)藥衛(wèi)生管理學(xué)院）、杭州師范大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)部三院一部合并為杭州師范大學(xué)醫(yī)學(xué)院。