學(xué)校前身是1978年北京市依靠清華大學(xué)、北京大學(xué)、中國人民大學(xué)、北京師范大學(xué)等創(chuàng)辦的36所大學(xué)分校。

1985年，北京聯(lián)合大學(xué)成立。

1987年，北京市衛(wèi)生職工學(xué)院中醫(yī)部并入北京聯(lián)合大學(xué)中醫(yī)藥學(xué)院。

2001年，市教委同意北京聯(lián)合大學(xué)化學(xué)工程學(xué)校和北京市化學(xué)工業(yè)集團(tuán)職工大學(xué)劃轉(zhuǎn)給北京聯(lián)合大學(xué)，北京市第一師范學(xué)校并入北京聯(lián)合大學(xué)。

2008年，北京市化工學(xué)校、北京市醫(yī)藥技術(shù)學(xué)校、北京市醫(yī)藥器械學(xué)校并入北京聯(lián)合大學(xué)。