因為扁鵲的醫(yī)術太過高超，名聲太大，所以引起了小人的妒忌，當時的秦國太醫(yī)令李醯，自知醫(yī)術難比扁鵲，卻又不愿名落他人之后，于是便雇傭刀手刺殺了扁鵲。

可惜這樣一位醫(yī)學巨才竟然始于非命，而史學家對他的后世并無記錄，導致了扁鵲的后事成了千古之謎。在過了近千年的時間后，關于扁鵲墓地的種種說法出現了。其中在河南省湯陰縣有扁鵲的墓和祠，相傳這里原來是一道名為伏道岡的上岡，伏道岡的名字就來自于扁鵲當年被“庸醫(yī)惡其勝已，伏于道側，謀而殺之”的典故。這些至今尚存的墓和祠，沒人能說清楚他們立于什么朝代，只是墓旁的各種碑刻都是元代以后各朝刻上去的。在山西省永濟清華鎮(zhèn)，也有扁鵲的墓和祠，墓前有一對石羊及宋明時代的碑刻，墓的周圍還保存著完整的石墻。永濟是戰(zhàn)國時的解虞、扁鵲曾經在此行過醫(yī)，不過同樣沒人能說清楚，墓和祠是什么朝代建立的。坐落在山東濟南北郊鵲山西路的扁鵲的墓，墓前石碑署“春秋盧醫(yī)扁鵲墓”。鵲山之名就來自神醫(yī)扁鵲，傳說扁鵲曾在山上煉制丹藥，死后就葬在了此山腳下，因此山以人顯，遂改為鵲山。扁鵲葬于鵲山的傳說，事過2000多年，口耳相傳。在河北邢臺內丘縣西，有扁鵲廟，相傳扁鵲被害于秦，虢太子千方百計把扁鵲的頭顱從秦國找回，葬于邢臺內丘的蓬山，并立廟祭祀，因此這個山村便更名為“神頭”。據《內丘縣志》記載，扁鵲廟漢唐有之，始見不詳。自漢至今，歷代均有修葺，現存元代建筑，是全國最早、最大、最著名的紀念扁鵲的古代建筑。除了以上幾種說法之外，還有其他的不同說法。在山東濟南市西郊原長清縣志記載，“今盧地有越人墓”。秦越人，即扁鵲。在陜西臨潼東北1.5公里南陳村，相傳扁鵲被害于此，就地掩埋，另外還有河北的任丘等地。因為年代久遠，難以考證以上多種說法的真?zhèn)?，而且陜西，山東，河南，河北等省，在春秋戰(zhàn)國時代分屬秦，韓，齊，魏，趙，各國正是歷史上記載的扁鵲行醫(yī)周游時經過的地方。而謀害扁鵲的人在任何地方都有可能下手，前無記載，后無依據，任何人無法辨別哪一座扁鵲墓是真的。當年他曾行醫(yī)治病的地方的老百姓感恩其醫(yī)德，修冢筑墓紀念扁鵲，因而造成了今天扁鵲墓在各地都有的繁華局面。