北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院課程設(shè)置：第一階段：醫(yī)學(xué)預(yù)科階段，五個(gè)學(xué)期，在清華大學(xué)生物系進(jìn)行第二階段：基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)階段，三個(gè)學(xué)期，在校本部基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院進(jìn)行第三階段：臨床醫(yī)學(xué)階段（含見習(xí)），四個(gè)學(xué)期，在校本部臨床醫(yī)學(xué)院進(jìn)行第四階段：臨床實(shí)習(xí)及科研訓(xùn)練，四個(gè)學(xué)期，其中畢業(yè)前8個(gè)月時(shí)間為科研訓(xùn)練課時(shí)間，必須在博士生導(dǎo)師的指導(dǎo)下，獨(dú)立完成一項(xiàng)科研題目并通過(guò)答辯。

主干學(xué)科 生物學(xué)、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)等主要課程 高等數(shù)學(xué)、物理學(xué)、化學(xué)、生物學(xué)、英語(yǔ)、人體解剖學(xué)、組織胚胎學(xué)、生理學(xué)、生物化學(xué)、微生物學(xué)、免疫學(xué)、病理解剖學(xué)、藥理學(xué)、診斷學(xué)、內(nèi)科學(xué)、外科學(xué)、婦產(chǎn)科學(xué)、兒科學(xué)、神經(jīng)病學(xué)精神病學(xué)、科研訓(xùn)練課等臨床教學(xué)基地學(xué)校原有六所附屬醫(yī)院：北京協(xié)和醫(yī)院、北京阜外心血管病醫(yī)院、北京腫瘤醫(yī)院、北京整形外科醫(yī)院、天津血液病醫(yī)院、南京皮膚病醫(yī)院。此外學(xué)校還擁有北京天壇醫(yī)院、航天科技集團(tuán)公司總醫(yī)院、煤炭工業(yè)部總醫(yī)院等教學(xué)醫(yī)院。