北大醫(yī)院一院五址，分為①門(mén)診樓/急診樓；②第一住院部（婦產(chǎn)兒童醫(yī)院）；③第二住院部；④第三住院部；⑤男科中心。

1、婦產(chǎn)兒童醫(yī)院（北京大學(xué)第一醫(yī)院婦兒門(mén)急診、北京大學(xué)第一醫(yī)院婦產(chǎn)兒童醫(yī)院）是北大醫(yī)院的，現(xiàn)有兒科門(mén)診、婦科門(mén)診、產(chǎn)科門(mén)診。兒科病房、婦產(chǎn)科病房、眼科病房、耳鼻喉科病房、皮膚科病房。

2、三部（第一/第二/第三住院部）也是屬于北大醫(yī)院的，現(xiàn)有化療病房、感染科病房、介入血管外科（血管專(zhuān)業(yè)）、小兒眼科、中西醫(yī)結(jié)合/抗感染病房等。

3、北大醫(yī)院男科中心是北大醫(yī)院泌尿外科的一個(gè)專(zhuān)業(yè)，是北大醫(yī)院的一部分。