區(qū)別不大，清華本身的醫(yī)學部并不是特別好，協(xié)和的醫(yī)學系都是八年制的，本碩博連讀，但是兩者都是通過清華系統(tǒng)招生，協(xié)和的分數(shù)線要高一點。

京協(xié)和醫(yī)學院共有兩個本科招生專業(yè)，一個是臨床醫(yī)學，另一個是護理學。臨床醫(yī)學納入清華招生，在報考的時候應該填報清華大學的“臨床醫(yī)學（八年制）”專業(yè)。護理學專業(yè)由北京協(xié)和醫(yī)學院招生，在報考的時候應該填報北京協(xié)和醫(yī)學院。這就是說，要想報考北京協(xié)和醫(yī)學院的臨床醫(yī)學（八年制），就是要報考清華大學。原來兩者都是獨立辦學的，但由于種種原因，中國協(xié)和醫(yī)科大學未能納入985或211工程的重點建設序列；2006年9月，中國協(xié)和醫(yī)科大學與清華大學實行緊密合作辦學，可同時使用“北京協(xié)和醫(yī)學院--清華大學醫(yī)學部”作為第二名稱，學校仍為獨立法人單位，并進入“211”和“985”工程建設行列。

2017年9月，北京協(xié)和醫(yī)學院進入一流學科建設單位的行列，有生物學、生物醫(yī)學工程、臨床醫(yī)學、藥學4個學科列入重點建設行列。但目前臨床醫(yī)科的本科生還是由清華大學代招。