原吉林大學(xué)建校于1946年9月24日，當(dāng)時(shí)校名為東北行政學(xué)院；幾經(jīng)變遷，1950年3月31日易名為東北人民大學(xué)；1958年8月11日，東北人民大學(xué)更名為吉林大學(xué)，郭沫若為吉林大學(xué)題寫(xiě)校名。

1960年10月22日，中央正式批準(zhǔn)吉林大學(xué)為國(guó)家重點(diǎn)綜合性大學(xué)。

1984年6月，國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)了包括清華大學(xué)、北京大學(xué)、中山大學(xué)、吉林大學(xué)等全國(guó)22所重點(diǎn)大學(xué)首批試辦研究院，8月8日吉林大學(xué)研究生院成立。新的吉林大學(xué)于2000年6月12日由原吉林大學(xué)、吉林工業(yè)大學(xué)、白求恩醫(yī)科大學(xué)、長(zhǎng)春科技大學(xué)、長(zhǎng)春郵電學(xué)院合并組建而成。

2004年8月29日，原中國(guó)人民解放軍軍需大學(xué)并入吉林大學(xué)。

2004年教育部確定包括吉林大學(xué)在內(nèi)的全國(guó)34所高校考研自行確定復(fù)試錄取分?jǐn)?shù)線(xiàn)。吉林大學(xué)是具有教授任職資格審批權(quán)的高校。