上海海軍軍醫(yī)大學(xué)設(shè)有訓(xùn)練部、政治部、校務(wù)部、科研部、研究生院5個部院機(jī)關(guān)，下轄基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)部、海洋軍事醫(yī)學(xué)院、藥學(xué)院、衛(wèi)生勤務(wù)學(xué)系、護(hù)理學(xué)院、心理與精神衛(wèi)生學(xué)系、熱帶醫(yī)學(xué)與公共衛(wèi)生學(xué)系、中醫(yī)系、外訓(xùn)系、繼續(xù)教育學(xué)院、研究生管理大隊、干部輪訓(xùn)大隊、學(xué)員旅、長海醫(yī)院、長征醫(yī)院、東方肝膽外科醫(yī)院等單位。

海軍醫(yī)學(xué)系、衛(wèi)生勤務(wù)學(xué)系、中醫(yī)系均為全軍唯一的專業(yè)系，外訓(xùn)系是全軍唯一的醫(yī)學(xué)留學(xué)生培養(yǎng)基地；開設(shè)了臨床醫(yī)學(xué)（八年制）、臨床醫(yī)學(xué)（五年制）、中醫(yī)學(xué)（八年制）、中醫(yī)學(xué)（五年制）、麻醉學(xué)（五年制）、藥學(xué)、中藥學(xué)、醫(yī)學(xué)心理學(xué)、公共事業(yè)管理、生物技術(shù)、護(hù)理學(xué)等本科專業(yè)。